В далеком будущем Земля была уничтожена космическими пришельцами Гауна. Ее жители бежали в космос, превратив осколки родной планеты в гигантские корабли, но сбить врага со следа не удалось. «Сидония» - один из кораблей-миров, что ищет новый дом, отбиваясь от Гауна, монстров-оборотней с каменной броней. Главная защита ковчега - боевые роботы-Стражи, обладающие оружием, способным уничтожить чужаков. Хотя люди за сотни лет полета всячески улучшали себя (например, освоив фотосинтез), достойных пилотов для Стражей мало, и командование не отбрасывает никого, даже весьма странных личностей.
Нагатэ вырос на заброшенных нижних уровнях, зная только своего деда Хироки. Единственной отрадой парня был старинный пилотский тренажер. Но вот дед умер, еда кончилась, житель подземелья подался на поиски и вскоре попал к военным, которые оценили его талант, развитый бесчисленными тренировками. Теперь Нагатэ – молодой пилот, настоящий рыцарь «Сидонии», а присматривать за «диким» приставили симпатичную курсантку Сидзуку. Пускай Гауна вокруг корабля давно не видели, они все равно где-то рядом. А вот тогда главный герой сполна отработает свой рис, ибо настоящему мужчине заниматься фотосинтезом не к лицу!

В недалеком будущем андроиды, неотличимые от людей, не только выполняют тяжелую и грязную работу – они учат, помогают по дому, воспитывают детей, к ним привязываются, в них влюбляются. Увы, срок их службы недолог – даже лучший производитель SAI Corp. дает примерно 9,3 года гарантии, потом искусственная личность разрушается, а носитель может стать агрессивен и опасен. Людям бывает тяжело расставаться фактически с членами семьи – потому существует Терминальная Служба, сотрудники которой обязаны постараться по-хорошему уговорить хозяев, а потом забрать отработанный товар и стереть ему память.
18-летнего Цукасу Мидзугаки, завалившего экзамены в университет, отец по знакомству устраивает в Первый отдел Терминальной Службы SAI Corp., считая, что работа непыльная, и год парень протянет. Но оперативники работают парами из человека и андроида, а новичку из-за технической ошибки напарника не подобрали – пришлось начальнице отдела Кадзуки Куваноми вызывать из резерва Айлу, опытного «спеца» в образе милой светловолосой девочки. Не без проблем, но напарники сработались, притерлись друг к другу, и тут Цукаса узнал, что жить как личности Айле осталось примерно 2000 часов, то есть меньше трех месяцев…